Во-первых это называется плагины. А так, чтобы добавить плагин вы можете найти вам подходящий плагин, например Essentials, затем наш скачанный .jar файл, мы кидаем в папку plugins на нашем сервере и можете перезапустить сервер, через /reload либо /stop и потом еще раз запустить .bat файл.