Тут дело в чем. Те кристаллы из IC2 имеют 0 заряд, то есть ,видишь, под кристаллом черная полоска. А в автокрафте делаются кристаллы без полоски. Это несоотвецтвие ID чистоко кристалла и скравченого. Это можно исправить 2 путями: 1) Не храни в системе кристаллы, а автокрафт их сам будет делать по надобности; 2)Сделай механизм через который эти кристалы будут уходить в зарядник, а потом уже в систему. Удачи.