Это проблема похоже в переходе с ядра на ядро, Forge сохранил нпс по 1 принципу, а Magma по другому, да и к тому же Magma как оказывается не поддерживает CustomNPC, от чего если и есть проблема, решать её надо самому. Мы сделали несколько действий, не знаю что и помогло: Переставили сервер на CatServer, И пересоздали карту. Возможно, именно пересоздание карты перестало вызывать баг с вылетом... Проблема вообщем не из приятных, ибо мы потеряли карту, постройки перенести нам не удалось.
Для тех кто столкнулся с этим: Пересоздавайте мир. Все настройки НПС хранятся в мире, и вы вполне можете перенести свои труды на новый мир, просто скопировав файлы из самого мира. Находится в папке с майнкрафтом saves\(название мира)\customnpcs.